I  och med Tågplan 2011 infördes nya rutiner rörande fakturering av avgifter. De rutiner som infördes vid Tågplan 2011 kommer i stort att kvarstå Tågplan 2012.

I samband med Tågplan 2012 utökas Tåglägesavgiften från två till tre nivåer. Prisjusteringar sker för avgifterna Tåglägesavgift, Passageavgift, Övrig särskild avgift för persontrafik och Emissionsavgift.

En nyhet i och med Tågplan 2012 är de s.k. kvalitetsavgifterna vilket innebär nyheter också utifrån faktureringsperspektivet. Bl.a. de rutiner som används vid beslutande om de orsakskoder som ligger till grund för kvalitetsavgiften och åt vilket håll betalningsströmmen ska gå, från Trafikverket till järnvägsföretag eller tvärt om.

Vissa avgifter kommer precis som under Tågplan 11 även fortsatt att självdeklareras av järnvägsföretagen, men det stora flertalet avgifter faktureras baserat på Trafikverkets data.

Ett webbaserat verktyg tillhandahålls för att registrera de avgifter som ska självdeklareras.

För vissa av de avgifter som baseras på Trafikverkets data bifogas fakturaspecifikation till fakturan. För de flesta avgifterna tillhandahålls fakturaspecifikationen via ett elektroniskt gränssnitt till Trafikverkets databas för fakturaunderlag.

För att granska orsakskoderna som ligger till grund för kvalitetsavgifterna tillhandahåller Trafikverket ett IT-verktyg.

Inför JNB2012 har/kommer information om nyheter och förändringar i rutinerna att delges till Branschorganisationen Tågoperatörerna, vid JNB-dagen 111012, via e-post, vid informationstillfällen/utbildningar (se fliken Informationsaktiviteter och utbildning) och successivt på denna sida.