1. Tomteboda betongtunnel
Vid Tomteboda ansluts Citybanan till det befintliga pendeltågsnätet i norr. Entreprenaden bygger en övergång från tågtrafik ovan mark till tunnel under jord och i berg. På en sträcka av 455 meter byggs längst i norr en 135 meter lång del med stödmurar, därefter en tråg-sektion på 150 meter och sedan följer en betongtunneldel på 150 meter som ansluter entreprenaden till bergtunneln söderöver. Den sista biten på 20 meter går tunneln i berg. Det första skedet är entreprenören Peab färdig med i december 2012. sedan återkommer de sommaren 2013 och är helt färdiga med sitt arbete i början av 2014.
2. Odenplan och Vasatunneln
Entreprenaden omfattar bygget av den ena av Citybanans två nya stationer och en bergtunneldel norr om stationen upp mot Tomteboda. Entreprenaden avgränsas av Tomteboda i norr och Observatorielunden i söder och är 1.870 meter lång. Berget tas ut via arbetstunneln vid Norra Stationsgatan och en mindre del via tillfartstunneln vid Tomteboda. Entreprenör är Bilfinger Berger och tunnelarbetena beräknas vara klara i mitten av 2013.
3. Norrmalmstunneln
Norrmalmstunneln går från i höjd med Observatorielunden och fram till Gamla Brogatan, strax norr om T-centralen, en sträcka på 972 meter. Det är en renodlad bergentreprenad där berget tas ut via arbetstunneln på Torsgatan. Entreprenör är Strabag (tidigare Oden). När arbetstunneln vid Torsgatan blev färdigställd under våren 2010 påbörjades tunneldrivningen av Norrmalmstunneln som beräknas vara klar 2013.
4. Norrströmsentreprenaden med Station Stockholm City
Citybanans enskilt största entreprenad avgränsas av Gamla Brogatan i norr och Riddarholmen i söder. Det blir en tunneldel och en stationsdel med en total längd av 1048 meter. Berget transporteras ut via Bangårdstunneln. Entreprenör är NCC och entreprenaden beräknas vara klar 2014.
5. Söderströmstunneln
Söderströmstunneln förbinder bergtunnlarna mellan Riddarholmen och Söder Mälarstrand. Det är en 300 meter lång sänktunnel i betong som grundläggs med stålkärnepålar förankrade i berget under Söderströms sjöbotten. Tunneln består av tre element, tillverkade av betong och stål i en samverkanskonstruktion. I entreprenaden ingår även tillfartstunnel Söder Mälarstrand samt anslutande delar av bergtunnlarna söder och norr om Söderström. Sjötransporter spelar en viktig roll i denna entreprenad som ett sätt att möta miljökraven för bland annat de känsliga kvarteren på Riddarholmen med stora kulturvärden. Entreprenör är JVS, Joint Venture Söderström, ett konsortium mellan Züblin och Pihl. Tillfartstunneln vid Söder Mälarstrand var klar sommaren 2009. Arbetet med Södertrömstunneln pågår och beräknas vara klart 2013.
6. Södermalmstunneln
Entreprenaden går från strax söder om Söder Mälarstrand till Högbergsgatan på Södermalm och blir 570 meter lång. Vid passagen av Maria Magdalena kyrka kommer tunneln ett kortare stycke att förläggas i en betongtunneldel. I övrigt är detta en bergentreprenad där allt berg tas ut via tillfartstunneln på Söder Mälarstrand. Entreprenör är Züblin.
7. Anslutning Stockholms södra
Där Södermalmstunneln slutar vid Högbergsgatan ansluts Citybanan till en delvis redan utförd betongtunneldel och befintlig plattform på Stockholms Södra genom en 200 meter lång betongtunnel. Tunneln byggs med så kallad cut and cover-teknik genom en park, Mariagårdstäppan, och under Fatbursgatans östra del. Efter förstärkningsarbeten på befintliga, intilliggande fastigheter tas ett cirka 14 meter djupt schakt upp i etapper varvat med spontningsarbeten. Därefter påbörjas arbetet med betongtunneln. Närhet till befintliga fastigheter och stambana i full drift är en del av utmaningarna i entreprenaden. Entreprenör är Bilfinger Berger. När arbetet är klart och arbetsområdet återställt täcks även stambanans befintliga spår över, så att Mariagårdstäppan och Fatbursparken binds samman till en större och mer tillgänglig helhet. Bygget startade i januari 2010 och beräknas vara klart 2014.
8. Järnvägsbro Årsta-Älvsjö
Entreprenaden omfattar en cirka 1,4 kilometer lång järnvägsbro som byggs över spårområdet i Årsta, från området norr om Årstabergs station till området strax söder om Älvsjö godsbangård. När Citybanan invigs 2017 kommer alla Stockholms pendeltåg att köra på den nya Årstabron och alla övriga tåg på den gamla Årstabron över Årstaviken. Järnvägsbron mellan Årsta och Älvsjö är pusselbiten som gör detta möjligt. Man kan säga att järnvägsbron fungerar som en planskild spårväxel och är en förutsättning för att kunna köra pendeltågen i Citybanan med full hastighet och få ut maximal kapacitet. Kontrakt skrevs sommaren 2010 med entreprenören Pihl. Bygget startade i mitten av 2011 och ska vara klart 2017 till Citybanans trafikstart.