Samtidigt med järnvägsutredningen har en miljökonsekvensbeskrivning genomförts av de olika alternativa korridorerna enligt Miljöbalken. Den har godkänts av de tre berörda länsstyrelserna.
Utredning om miljökonsekvenser innebär att natur- och kulturmiljöerna inventeras och analyseras samt värderas. Likaså analyseras de störningar från byggnationen av järnvägen och tågdriften som kan påverka människor och miljö som en negativ konsekvens. Även miljövinsterna bedöms som en positiv konsekvens i den slutliga jämförelsen mellan de olika alternativen.