Förordningen gällde i princip ända in på 1800-talet, även om den reviderades av "Riksdagen Uti Stockholm Åhr 1734". Genom förordningen var vägdistrikten skyldiga att tillhandahålla skjuts till avgifter. Skjutsplikten fungerade på detta sätt fram till 1944 när Vägväsendet förstatligades och då följde också färjetrafiken med. Statliga Kungliga väg- och vattenbyggnadsstyrelsen, senare Vägverket, var indelad med en vägförvaltning i varje län. Inom varje vägförvaltning fanns driftområden som ansvarade för driften av både vägar och färjor inom sitt respektive län.

Färjerederiet blir en egen enhet

1992 omorganiserades Vägverket och sju regioner bildades med regionkontor och lokalkontor. De tidigare driftområdena som skötte om det statliga vägnätet, konkurrensutsattes, men driften av de statliga färjorna undantogs och stannade kvar i dåvarande Vägverket produktions regi. Vägverket bildade den 1 januari 1996 ett antal fristående resultatenheter. Färjerederiet blev en av dem. Redan tidigare hade man både i Stockholms- och i Göteborgsområdena bedrivit färjetrafik under rederiliknande former, medan övriga landet haft kvar sin färjeverksamhet inom Vägverket produktion.

Huvudkontoret till Vaxholm

Landet delades in i tre färjeavdelningar med kontor i Vaxholm, Göteborg och Härnösand, medan rederiets huvudkontor placerades i Borlänge. Efter den 1 januari 2003 blev Färjerederiet en av Vägverkets affärsenheter. Som affärsenhet förändrades Färjerederiets roll och uppgift. Den 1 april 2010 gick Vägverket och Banverket ihop och Trafikverket bildades. Rederiet fick då namnet Trafikverket Färjerederiet. I samband med övergången till resultatenhet förändrades även organisationen. De regionala avdelningarna försvann och huvuddelen av administration och ledning är nu placerad i Vaxholm.