I dagsläget råder kapacitetsproblem i södra änden av Gävle godsbangård. Det är den mest kritiska punkten i spårsystemet. Gävle Hamn saknar också en direktanslutning för tåg från söder (Ostkustbanan) respektive från väst (Bergslagsbanan). Av den orsaken uppstår onödiga moment när vissa tågset måste in på godsbangården och byta körriktning. Anslutningsspåret till hamnen saknar dessutom elektrifiering, vilket innebär att tågen måste in på godsbangården för att byta till diesellok, från ellok.
Gävle hamn expanderar
Svenska staten genomförde en Hamnstrategiutredning som presenterades i oktober 2007. I den utredningen kvalificerade sig Gävle hamn som en av de tio hamnar i Sverige som är strategiskt viktiga och föreslås prioriteras. Under åren 2006-2009 rustades vägen till och från hamnen för att klara högre belastning som en trafikökning till och från hamnen innebär. Projektkostnaden uppgick till 74 miljoner kronor. En ny inseglingsled blev klar 2014.
Detta medför högre kapacitet och för att dra nytta av det så har Gävle hamn börjat ett utbyggnadsprojekt som omfattar nya kajer, hamnplaner och magasin. Projektet är budgeterat till 860 miljoner kronor. Detta i kombination med ny inseglingsled ökar hamnkapaciteten från 70 000 containrar till 170 000 containrar. En väl fungerande järnvägsanslutning är det som återstår för ett komplett transportsystem till och från Gävle hamn.