Gerstaberg-Långsjön
Sträckan mellan Gerstaberg och Långsjön är knappt 15 km lång och går genom ett kuperat landskap. På denna sträcka planeras inga stationer. Enligt förslaget placeras järnvägen nära E4, ett område som redan är påverkat av effekterna av befintlig infrastruktur. Stor vikt har lagts på att minimera intrång och negativa konsekvenser i skyddsvärda områden.
I norra delen av sträckan viker Ostlänken av söderut från befintlig järnväg. Det ena spåret passerar över befintlig järnväg på en cirka 700 meter lång bro. Järnvägen går vidare söderut omväxlande på bank och skärning, fram till ett höjdparti öster om Järna som passeras i en cirka 1,3 km lång tunnel. Tunneln mynnar ut i höjd med trafikplats Järna, som därför behöver byggas om.
Ostlänken föreslås gå på en låg bank längs E4 över norra delen av Järnaslätten för att minimera påverkan i landskapet. Vid Saltå kvarn ersätts befintlig gång- och cykelbro av en ny, som korsar både järnvägen och E4. Vid höjdryggen mitt på Järnaslätten, planeras järnvägen korsa under E4 i en cirka 300 meter lång tunnel. E4 kommer här att behöva flyttas på en cirka 1,6 km lång sträcka.
Järnvägen passerar ett höjdparti vid Lillvreten i skärning som är upp till 20 meter djup. Vid Skillebyåns dalgång passerar järnvägen på både bank och bro. Delar av sträckan där Ostlänken planeras gå på bank föreslås bli förstärkta med tryckbankar. En tryckbank är en form av grundläggnings- och stabilitetsåtgärd som innebär att jord- eller bergmassor läggs intill järnvägens slänter. Efter dalgången föreslås järnvägen gå omväxlande på bank och i skärning.
Enligt förslaget korsar järnvägen väg 513 (infartsväg till Hölö) på en kort bro och fortsätter sedan söderut i skärning. Vid väg 510 föreslås Ostlänken ligga nära marknivå vilket möjliggör att väg 510 kan byggas på bro över järnvägen. Vid Kyrksjön planeras järnvägen ligga på en cirka 700 meter lång, låg bro. Järnvägen går sedan genom ett skogbevuxet höjdparti i två korta tunnlar. Gränsen för denna järnvägsplan ligger strax söder om den södra tunnelmynningen, därefter tar järnvägsplanen för sträckan Långsjön–Sillekrog vid.
Långsjön-Sillekrog
Sträckan mellan Långsjön och Sillekrog är 13 km lång och går genom ett kuperat landskap. Detta bidrar till att den föreslagna spårlinjen till stor del förläggs i tunnel och på bro. På sträckan planeras ett resecentrum i Vagnhärad som byggs i samband med Ostlänken. Enligt förslaget placeras järnvägen i stora delar nära E4, ett område som redan är påverkat av effekterna av befintlig infrastruktur. Stor vikt har lagts på att minimera intrång och negativa konsekvenser i skyddsvärda områden.
Sträckan börjar i norr vid Linde-fältet, en lertäckt dalgång, som enligt förslaget passeras på bank som förstärks med tryckbankar på båda sidor. En tryckbank är en form av grundläggnings- och stabilitetsåtgärd som innebär att jord- eller bergmassor läggs intill järnvägens slänter.
Efter Lindefältet föreslås järnvägen gå in i en cirka 4 km lång tunnel som leder under E4, större delen av Södra Tullgarns Natura 2000-område och den befintliga järnvägen. Parallellt med tunneln byggs en permanent servicetunnel.
Efter tunneln fortsätter järnvägen söderut på en cirka 130 meter lång bro över dalgångens mitt. Enligt förslaget går järnvägen på bank förbi trafikplats Vagnhärad för att sedan korsa E4 på en cirka 400 meter lång bro.
Vagnhärads resecentrum planeras i skogspartiet norr om de tre kalkbrotten och söder om E4. Trosa kommun arbetar med detaljplanen för resecentrumet, som är tänkt att bestå av stationsbyggnad, bussterminal, bil- och cykelparkering samt uppställningsplatser för taxi och plats för dem som hämtar och lämnar resenärer.
I rekreationsområdet väster om tätorten går Ostlänken i skärning. Trafikverket och Trosa kommun har i samverkan identifierat ett eventuellt behov av en gång- och cykelpassage över Ostlänken i detta område och frågan utreds vidare.
Hela Trosaåns dalgång korsas på en cirka 1,7 km lång bro med brohöjd som varierar mellan 8–20 meter över befintlig marknivå.
Järnvägen planeras gå i skärning över Sillens dalgång och på bank nära E4 innan den går in i en cirka 600 meter lång tunnel. Resterande järnvägssträcka går på bank och i skärning, ett mindre vattendrag passeras på bro.
