Miljökompensationen ska avse genomförandet av ett detaljerat projekt med på förhand fastställda miljöeffekter. Stödet kan endast beviljas för ett projekt per sjötransportupplägg. Projektet får inte förnyas, förlängas eller upprepas med ytterligare miljökompensation utan förväntas efter projektets slut övergå i normal drift. Stödet får inte ges för längre tid än tre år.
Den som ansöker om miljökompensation ska kunna visa hur projektet bidrar till att gods överflyttas från väg till sjö, att projektet bidrar till positiva miljöeffekter, att sjötransportuppläget är i behov av stöd för att kunna genomföras och att åtgärden är kommersiellt bärkraftig efter det att projektet har slutförts. Projektet får inte innebära en negativ påverkan på konkurrenssituationen på aktuell marknad.